As Ciências representam um conjunto de disciplinas que tem por característica a investigação, embora alguns fenômenos não possuam a capacidade de visualização, que acaba por necessitar da ajuda de algum recurso didático como o uso de modelos. O uso do modelo didático representa e até mesmo simula uma realidade, e no caso do terrário abre possibilidades para interferências que corroboram com o ensino investigativo. Este trabalho trata de uma pesquisa qualitativa descritiva, de cunho exploratório, cujo objetivo foi diagnosticar as percepções dos alunos sobre conceitos de ecologia durante o desenvolvimento de uma sequência de ensino com abordagem investigativa - SEI, utilizando um terrário como modelo didático científico, além de analisar a relação entre modelagem e epistemologia. A pesquisa foi realizada com alunos do 1º ano do curso Etim em Meio Ambiente, em uma Etec no município de Jacareí-SP. A SEI foi organizada em três etapas de ensino: a modelagem do terrário, a atividade de experimentação e observação dos resultados, e a conclusão. Durante a SEI, a turma foi organizada em quatro grupos, em que cada grupo recebeu um dos seguintes temas: efeito estufa, chuva ácida, fotossíntese e sucessão ecológica. As aulas foram gravadas e transcritas, e os alunos confeccionaram diários de bordo, gerando dados posteriormente categorizados e analisados de acordo com os pressupostos da análise de conteúdo de Bardin. Nas análises, percebeu-se que as etapas utilizadas pelos alunos fazem parte do “fazer ciência”, pois incluíram: identificação de problemas, discussões, criações, refutações de hipóteses, testagens e conclusões acerca do problema identificado. Essas etapas compõem tanto o processo de construção do conhecimento científico como a manifestação das inteligências múltiplas definidas por Gardner, tais como: a verbal linguística, durante a discussão e debate; a espacial, quando o aluno percebe o terrário como um ambiente reduzido; a interpessoal, a relação com os colegas; a corporal-cinestésica, quando o aluno percebe o aumento de temperatura sem uso do termômetro. De posse de todos os resultados e suas respectivas análises, percebeu-se que o terrário se comporta como um modelo analógico com abordagem semântica, possuindo semelhanças com um ecossistema, sendo denominado, por vezes, como um miniecossistema, além de permitir o processo de teorização. Como produto educacional, a partir dos dados coletados, foi desenvolvida uma sequência didática para apoio do professor no uso do terrário como modelo.