Xilanases são enzimas que apresentam diversificada aplicação industrial, justificando-se a busca por organismos produtores, bem como efetuar sua caracterização bioquímica e testes de aplicação. A expressão heteróloga destas proteínas é uma ferramenta interessante, pois pode permitir a produção enzimática em larga escala e com uso de meios de cultura simples e de baixo custo. Neste trabalho, um gene codificador de xilanase, pertencente à família GH11, do fungo termofílico Myceliophthora heterothallica foi isolado via RT-PCR e expresso heterologamente em Escherichia coli e Pichia pastoris. Foi feita uma caracterização bioquímica das enzimas recombinantes purificadas, que apresentaram massa molecular próxima a 25 kDa. A temperatura e pH ótimos da enzima expressa em E. coli foram 55 °C e 6,0, respectivamente. A xilanase recombinante expressa em P. pastoris, por sua vez, apresentou temperatura ótima de 70 °C e pH ótimo de 6,5. Ambas apresentaram estabilidade em amplo intervalo de pH, porém, diferiram consideravelmente quanto à termoestabilidade, a qual foi superior na enzima expressa em sistema eucarioto. Do ponto de vista industrial, as enzimas possuem características interessantes, tais como elevada especificidade pelo substrato xilana e tolerância a diversos íons e reagentes. Também foi executada uma análise do transcriptoma de M. heterothallica, de modo que diversas sequências codificadoras de enzimas lignocelulolíticas, além de xilanases, foram identificadas. Esses dados certamente contribuirão para estudos futuros de clonagem e expressão heteróloga de enzimas degradadoras de biomassa vegetal.