A competição entre as empresas pelo mercado consumidor global está cada vez mais seletiva devido a vários fatores como o curto ciclo de vida dos produtos, maior quantidade dos modelos do produto, menor custo de fabricação, rápida disponibilidade dos produtos no mercado e requisitos de qualidade integrados a políticas de preservação ambiental. Todos esses fatores contribuíram na evolução do sistema de controle dos Sistemas Produtivos (SP), tornando um sistema altamente flexível tanto em volume quanto na customização de produtos. Para o sistema de controle proposto neste trabalho, os dados de entrada são encaminhados pela área de planejamento de produção, que fornecem a programação (scheduling) a ser executada no chão de fábrica, e o problema ocorre quando uma determinada máquina-ferramenta entra no estado inoperante (falha), tornando indisponível este recurso e busca-se regenerar o sistema com o emprego das Máquinas-Ferramenta Multifuncionais (MFM), controle de vias e veículos transportadores. A proposta apresenta um sistema de controle de alocação de recursos com a capacidade de regenerar o SP assegurando a disponibilidade funcional dos recursos ao considerar o conceito de flexibilidade funcional das MFMs, associada à flexibilidade de rotas e mediante o emprego de Veiculos Guiados Automaticamente (VGAs) para a realocação de recursos em tempo real. A arquitetura de controle para a alocação de recursos é modelada utilizando Rede de Petri (RdP)